Si le Mariinsky a toujours été constitué d'un doublet « lyrique plus danse », c'est surtout par son corps de ballet que le Mariinsky construisit sa réputation, notamment sous l'impulsion de Marius Petipa qui y créa plusieurs dizaines de chorégraphies, dont beaucoup sont encore dansées aujourd'hui.

La fin du XIXe siècle marque l'âge d'or de la compagnie, qui « invente » le ballet « à la russe », caractérisé par le spectaculaire (l'immense scène s'y prête) et la longueur des ballets, souvent d'une durée supérieure à deux heures.

Le Mariinsky est alors la référence mondiale de la danse. Au gré des époques et des changements de régimes politiques, la troupe de ballet change souvent de nom, s'appelant Mariinsky, Gatob ou Kirov.

Toutefois, quel qu'en soit le nom, le corps de ballet reste une référence mondiale incontournable. Ainsi, l'orientation très moderniste prise par Michel Fokine, directeur du théâtre au début du XXe siècle, donnera naissance aux fameux Ballets Russes, qui ne sont rien d'autre que le nom pris par la troupe du Mariinsky lors de ses premières tournées.

Ces tournées, organisées par Serge Diaghilev, présentent au monde entier les grands talents du Mariinsky de l'époque. Le triomphe des Ballets Russes donne des idées d'indépendance aux vedettes de la troupe, qui quittent le corps de ballet officiel, tel Nijinsky qui rejoint à temps plein le projet de Diaghilev avant de fonder sa propre compagnie privée à Londres.

Quelques années plus tard, la Révolution Russe contribue au repli du Mariinsky, qui ne retrouvera jamais son prestige, malgré la qualité jamais démentie de son école de danse.

Ainsi, tout au long du XXe siècle, le Mariinsky perd de son aura et a bien du mal à retenir les prodiges qu'il forme, tels Rudolf Noureev ou Natalia Makarova. Certains choisissent de « trahir » pour rejoindre le Théâtre Bolchoï de Moscou (le rival historique, plus apprécié des autorités communistes que le Kirov du Léningrad d'alors).